Lữ Đoàn Sói là một bộ anime được lấy bối cản tại Nhật Bản trong năm 1960, khi đó để chống lại các phần tử khủng bố, một lực lượng siêu cảnh sát đã được thành lập để ngăn chặn. Tồn tại bên trong lực lượng siêu cảnh sát đó là một đội ngũ hoạt động độc lập được gọi là Wolf Brigade - Lữ đoàn sói, nhân vật chính trong phim chính là Fuse, anh cũng là một trong những thành viên của lực lượng này. Trong một lần đi làm nhiệm vụ đặc biệt, Fuse đã tận mắt chứng kiến một vụ đánh bom tự sát của một cô gái khủng bố, từ đó anh luôn bị ám ảnh bởi hình ảnh của cô gái trẻ đó, và bị buộc phải đào tạo lại vị trí của mình trong Đơn vị đặc biệt của Cảnh sát Thủ đô. Thời gian sau này, Fuse đã trở thành một trong những nhân vật chủ chốt trong một cuộc tranh chấp giứa lực lượng Cảnh sát Thủ đô và Cảnh sát địa phương, vì anh ta thấy mình ngày càng liên quan đến em gái của chính cô gái mà anh ta đã chứng kiến cô tự sát. Từ đó mọi bí mật ẩn sâu trong cô gái đó bắt đầu được hé lộ ra.